El Departamento de Química tiene como misión, la participación directa en la esfera de la Química  Industrial Cubana, específicamente la relacionada con la Agroindustria Azucarera y Diversificada,  con alta capacidad científico técnica. Asume la responsabilidad de contribuir directamente en el desarrollo económico y social del país.

Su desempeño se proyecta en las investigaciones generando conocimientos para el desarrollo de nuevos productos, servicios y la actividad comercial, teniendo en cuenta la preservación del medio ambiente

Su impacto está destinado a las producciones agropecuarias, en la preservación de maderas, las industrias azucarera, farmacéuticas, desarrollo de composites derivados de la biomasa y resinas de fundición entre otras.

Ejecuta trabajos de producciones demostrativas y asesorías, contribuyendo al desarrollo mediante la transferencia tecnológica de procesos químicos industriales.

El Departamento de Química tiene las funciones principales siguientes:

• Establece, orienta y controla la presentación y ejecución de los proyectos de investigación territoriales, ramales, nacionales

• Orienta y controla la vida científica de la Dirección mediante la supervisión del Consejo Científico de Química

• Establece y orienta las relaciones de cooperación científica con otras entidades de ciencia e innovación tecnológica del país y extranjeras

• Establece orienta y controla los análisis para cambios de categorías científicas

• Establece orienta y controla la selección de los trabajos científicos para ser premiados en la esfera científica

• Establece orienta y controla la política para la selección de los investigadores para ser premiados en las diferentes esfera de la vida científica

• Establece orienta y controla la política de adquisición y reposición del equipamiento científico de los laboratorios de la Dirección